Ngày 22/11/2019: sau khi có ý kiến từ Văn phòng Chủ tịch nước thông báo ý kiến chỉ đạo của Tổng Bí thư - Chủ tịch nước Nguyễn Phú Trọng, Lê Minh Trí đã ký quyết định ban hành kháng nghị giám đốc thẩm vụ án Hồ Duy Hải vốn kéo dài dai dẳng từ năm 2008. Tuy nhiên, trong phiên tòa giám đốc thẩm tháng 5 năm 2020, dưới sự chủ trì của Chánh án TAND tối cao Nguyễn Hòa Bình, kháng nghị giám đốc thẩm của Viện trưởng Viện KSND tối cao Lê Minh Trí đã bị bác bỏ.